新生儿肺炎的主要原因有感染性和吸入性两种。
1、感染性肺炎
新生儿感染感染性肺炎有子宫内感染和出生后感染两种情况。 子宫内感染引起的肺炎，羊膜的早期破24小时污染有时高达50-80%。 孕妇阴道内的细菌上升感染羊膜，胎儿吸入被污染的羊水后引发肺炎。 其次是因为母亲在怀孕后期感染某种病毒，通过血液循环进入胎盘，进入胎儿血液。 因此，在母亲怀孕期间胎儿感染了肺炎。 出生后的感染性肺炎随时都可能发生。
家庭是引起新生儿感染的主要原因。 与新生儿密切接触的家人如果患有呼吸道感染或呼吸道带菌者，就会通过空气或接触将病原菌传给新生儿。
另外，脐炎、皮肤感染、败血症等其他部位的感染，病原体经血传播到肺部引起肺炎。
2、吸入性肺炎
吸入性肺炎还包括羊水吸入性肺炎、胎粪吸入性肺炎、乳汁吸入性肺炎。 前两种肺炎主要发生在孩子出生前和出生时，由于各种原因引起胎儿子宫内缺氧，胎儿缺氧后在子宫内发生呼吸动作，有可能吸入羊水和胎粪。 这两种肺炎比较严重，出生后有明显症状，如青紫、呼吸增多、呼吸困难，严重者伴有呻吟。 缺氧严重者伴有痉挛，需要住院治疗。
更应该引起父母注意的是母乳吸入性肺炎。 由于新生儿，特别是出生时体重较轻的婴儿，口咽部或食管神经反射不成熟，肌肉运动不协调，经常发生呛奶或乳汁逆流现象，乳汁误吸入肺内，使儿童出现咳嗽、哮喘、气短、青紫等症状
