幽门螺杆菌与消化性溃疡，特别是十二指肠溃疡之间的相关性已得到学者们的广泛认同，从流行病学资料看到十二指肠溃疡病人90%?有幽门螺杆菌感染，但感染后怎样发病，说法不一。
目后主要说法有：
(1)由于幽门螺杆菌可造成局部粘膜炎症，进而引起粘液——碳酸盐屏障的破坏，使粘膜容易遭受酸和胃蛋白酶和对粘膜有害的细胞毒作用，引起粘液层分离,细胞内粘液颗粒减少，并损害上皮细胞和微纸毛，从而形成溃疡。
(2)幽门螺杆菌强活性的尿素酶使粘膜上皮表面的尿素分解，产生氨，幽门螺杆菌升高，从而使幽门螺杆菌发生逆向扩散，导致潰疡发生。
我国学者提出，由于幽门螺杆菌可使胃粘膜表面活性磷脂单分子层断裂，幽门螺杆菌使表面粘液细胞发生退变等原因，造成胃粘膜表面疏水性下降，导致粘膜保护怍用削弱，而形成溃扬。幽门螺杆菌阳性病人较阴性病人胃酸分泌量增高，有利于溃疡形成。
幽门螺杆菌与慢性活动性胃炎的关系如何?
幽门螺杆菌是慢性活动性胃炎的主要病因，其直接或间接证据为:健康志愿者吞服活的幽门螺杆菌后，出现胃炎的临床症状及相应的组织学炎症改变;胃粘膜幽门螺杆菌数童和密度与炎症程度呈正相关，窦部上皮细胞幽门螺杆菌受体较多，而窦部粘膜炎症的发生率亦高;慢性胃炎病人的幽门螺杆菌感染率可达80%,在窦部则高达90.5%;幽门螺杆菌经治疗根除后，慢性胃炎较易治愈，且复发率下降。
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