用于诊断幽门螺杆菌感染的方法很多,大致上可分为慢人性和非侵人性2类,侵入性诊断法逛指胃镜检査时取胃粘膜(一般为胃窦)活检作幽门螺杆菌培养、尿素酶试验、涂片以及组织学检査;非侵入件诊断法包括血清抗幽门螺杆菌抗体检测和l4C-或l3C-尿素呼吸试验。
在所有幽门螺杆菌的诊断方法中，取胃粘膜作HP培养为可靠，应看作是诊断幽门螺杆菌的“金标准”。可惜这一方法并不敏感(确诊率为80%)，再者幽门螺杆菌是微需氧菌,需要有一些设备，一般医院并不将幽门螺杆菌培养作为常现。尿素酶试验,Giwnsa或Warthin-Starry染色的组织学检查和Gram染色的胃粘膜活检标本染色的敏感性和特异性均高于90%。
尿索酶试验可反映胃内有无幽门螺杆菌感染。但应结合胃粘膜组织学Giemsa或Warthin-Stany染色或胃粘膜活检标本涂片Gram染色才能避免尿素酶试验假阳性或假阴性，可正确地作出有无幽门螺杆菌感染,特别要指出的是：胃粘膜涂片Gram染色是一简便的方法，在显微镜下很容易识别和确定涂片上的幽门螺杆菌,会大大提高幽门螺杆菌诊断的正确率。
应用酶标法检测血清抗HPIgQ抗体,阳性则表明目后或过去曾有幽门螺杆菌感染。幽门螺杆菌根除后,血清抗HPIgG抗体滴度会逐渐下降，但要在6个月以后才明显下降或转为阴性。因而该检查适宜用于流行病学检査,也常用为临床诊断的初筛试验,但不可作为幽门螺杆菌治疗后的根除考核依据。
同位素14C或15C标记的尿素呼吸试验，可测知受检者目后胃内有无幽门螺杆菌感染。14C或l3C标记的尿素口服后,如胃内有幽门螺杆菌感染,幽门螺杆菌释出的尿素酶将尿素转变为氨和14C02或l3C02,后者自呼气中呼出,幽门螺杆菌感染者呼吸中所含14C或l3C高于无幽门螺杆菌感染者。l4C或13C标记的尿素呼吸试验是一敏感和特异性均高的试验,可用于考核治疗后幽门螺杆菌是否已根除。
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