胃、十二指肠黏膜经常会受到髙浓度泻酸、宵蛋白酶、微生物、胆盐、乙酵、药物和其他有害物质的侵袭。在正常情况下，胃、十二指肠黏膜能够抵御这些侵袭因素的损害，维护黏膜的完整性。保护作用源于胃、十二指肠黏膜具有一系列防御和修复机制，包括黏液/碳酸氢盐屏障、黏膜屏障、黏膜血流量、细胞更新、后列腺素和表皮生长因子等。消化性溃疡的发生是由于侵袭因素与黏膜自身防御-修复因素之间失去平衡的结果。这种失平衡可能是由于侵袭因素增强，亦可能是防御-修复因素减弱，或两者兼有之。其中GU主要是防御、修复因素减弱，DU主要是侵袭因素增强。不同患者，致病因素有所不同。
1.幽门螺杆菌(Hp)感染
Hp感染是消化性溃疡的主要病因。消化性溃疡患者中Hp感染率高：DU患者Hp感染率为90%-,GU为80%-90%。同样Hp感染者中发生消化性溃疡的危险性亦显著增加。后瞻性研究显示，HP感染者中大约15%-20%的人可发生消化性溃疡。②根除Hp可促进溃疡愈合和显著降低溃疡复发率。此外，根除Hp还可显著降低消化性溃疡出血等并发症的发生率。③Hp感染改变了黏膜侵袭因素与防御因素之间的平衡。
2.胃酸和胃蛋白酶消化性溃疡的终形成是由于胃酸-胃蛋白酶自身消化所致。胃蛋白酶是主细胞分泌的胃蛋白酶原经盐酸激活转变而来，它能降解蛋白质分子，所以对黏膜有侵袭作用。胃蛋白酶的生物活性取决于宵液pH,因为不但再蛋白酶原激活需要盐酸，而且胃蛋白酶活性是pH依赖的，当胃液pH升高到4以上时，宵蛋白酶就失去活性。由于胃蛋白酶的活性受到胃酸制约，因而消化性溃疡发病机制和治疗，主要考虑胃酸的作用=在无酸的情况下罕有溃疡发生，抑制胃酸分泌的药物促进溃疡愈合，因此胃酸的存在是溃疡发生的决定因素。
3.非甾体抗炎药
一些药物对胃十二指肠黏膜具有损伤作用，其中以NSAID为显著。长期摄人NSAID可诱发消化性溃疡、妨码溃疡愈合、增加溃疡复发率和出血、穿孔等并发症的发生率。由于摄人NSAID后接触宵黏膜的时间较十二指肠长，因而与GU的关系更为密切。NSAID损伤胃、十二指肠黏唭的原因除药物直接作用外，主要通过抑制后列腺素合成，削弱.后列腺素对胃、十二指肠黏膜的保护作用。
4.遗传因素
随着Hp在消化性溃疡发病中重要性得到公认，遗传因素的重要性受到了挑战。但消化性溃疡具有“家族聚集”现象，且同卵双生子发生溃瘍的一致性髙于双卵双胎。0型血者DU患病率较高，而A型血者的GU患病率较高。
5.胃、十二指肠运动异常部分DU患者的宵排空比正常人快，特别是液体排空。胃液体排空加快使十二指肠球部的酸负荷量增大，黏膜易遭损伤。部分GU患者存在胃运动障碍，表现为胃排空延缓和十二指肠-胃反流。
6.应激和心理因素
急性应激可引起应激性溃疡。临床观察表明，长期精神紧张、焦虑或情绪波动的人易患消化性溃疡;DU愈合后在遭受精抻应激时，溃疡容易复发或发生并发症。心理因素对消化性溃疡特别是DU的发生有明显影响。
7.其他危险因素
①吸烟：吸烟者消化性溃疡的发生率比不吸烟者高，吸烟影响溃疡愈合、促进溃疡复发和増加溃疡并发症发生率。②饮食：酒、浓茶、咖啡和某些饮料能刺激胃酸分泌，高盐饮食被认为可增加GU发生的危险性，这与髙浓度盐损伤胃黏膜有关。③病毐感染：极少数溃疡患者的胃窦溃疡或幽门后区溃疡边缘可检出I型单纯疱疹病毒(HSV-1),而离溃疡较远的组织中则阴性。这些患者亦无全身性HSV-1感染或免疫缺陷的证据，提示HSV-1局部感染可能与“消化性溃疡”的形成有关。
