功能性消化不良的治疗目前尚不尽如人意，也无固定模式，这可能是因为临床类型不一，所以治疗方法也不一样。对溃疡型或返流型，主张用阻滞剂，如泰胃美800mg，每晚1次;雷尼替丁150mg每日二次;或质子泵抑制剂，如洛赛克20mg每日一次。
动力障碍型，主张用西沙必利(商品名普瑞博思)5-10mg,每日3次，餐后15?30分钟服用;或吗丁啉10mg,每日3次，餐后15?30分钟口服。疗程四周，疗效较好后，也可以5mg每日二次维持剂量治疗，长期治疗既安全，又可减少复发。铝碳酸镁咀嚼片(胃达喜)，饭后1?2小时，睡后或胃不适时服用1一2片，症状消失后应持续服用4周。糖尿病、高血压病人均可服用。
无论那一型病人，应注意生活起居要有规律，纠正饮食习惯，戒除不良嗜好，调节精神状态。
中医对功能性消化不良如何辩证施治?
根据病人不思饮食、上腹痛或不适，上腹饱胀，懒言少动，便干或泄泻，舌淡苔白，脉缓弱’中医以甘温益气健脾养胃，方用四君子汤加减，人参、白术、茯苓、炙甘草、山药，恶心呕吐者加陈皮、半夏以顺气止吐;加砂仁、木香开胃行滞止痛;木香有促使胃排空作用。
上腹胀闷，脘痛连胁，口苦吞酸等，给以舒肝和胃，药用柴胡、抗芍、枳壳、炙甘草、广郁金、川棟子、川连、吴茱萸。
气郁不伸而腹痛发作，胸膈痞闷、吞酸呕吐、饮食不消者.宜行气、解郁、止痛。药用苍术、陈皮、炙香附、炒枳壳、焦麦芽、焦神曲、木香、川芎、干姜、甘草等。
应注意避免一切生冷刺激性食物如辛辣食品、咖啡、酒等，或有过敏反应的食物。更主要地是避免七情变化。
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