幽门螺杆菌的自然定植部位在胃黏膜上皮表面和胃黏膜底层。由于它在体内呈螺旋状，又具有鞭毛结构，故而易穿过黏液层。其次，幽门螺杆菌能产生尿素酶和某些蛋白质来抵抗胃酸，以有利于它的定植。幽门螺杆菌感染正常黏膜组织后，可产生一系列的毒素和有毒性作用的酶，造成胃黏膜上皮细胞变性、坏死，产生急性炎症反应。
幽门螺杆菌还能诱发机体的自身免疫反应，不但不能靠谱清除幽门螺杆菌，反而损伤胃黏膜，使感染慢性化。炎症和免疫反应持续存在造成胃黏膜屏障损害，进而导致一系列病理改变。目后认为幽门螺杆菌是慢性胃炎的主要病因。
慢性胃炎患者幽门缧杆菌检出率高达50%~80%，而正常胃黏膜的检出率为0~6%，慢性活动性胃炎的检出率则更高(达90%以上)。同时幽门螺杆菌的感染与消化道溃疡的发生也有密切关系。医学界普遍认为，幽门螺杆菌感染引起的胃炎是发生胃及十二指肠溃疡的一个重要因素。
中医药对幽门螺杆菌感染的研究已取得一些成果，有研究表明，幽门螺杆菌感染所致的胃黏膜充血、水肿、糜烂等症状经清热解毒类中药治疗后有明显的，且大黄、黄连对幽门螺杆菌高度敏感，黄芩、蒲公英、三七等中度敏感，体外实验均表明它们能靠谱抑制或杀灭幽门螺杆菌。中医药治疗幽门螺杆菌感染的显效率较高，清除率与西医三联用药相当，表现出综合疗效的优势，且无明显副反应，治疗费用更低，未发现菌群的失衡和耐药现象。
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