临床上发生生化妊娠的常见原因有这些：
1、受精卵本身有缺陷：一般认为胚胎染色体异常可能是导致生化妊娠的主要原因。怀孕前三个月的早期流产中，有超过50%的流产原因是染色体异常。
2、卵巢黄体功能不好：黄体不好，导致孕酮分泌不足，子宫内膜异常，影响受精卵在子宫内的着床。
3、子宫因素：子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床。
4、遗传因素：由于遗传因素导致染色体数目或结构异常，导致胚胎发育不良，发育不良的胚胎会自然流产掉。胚胎发育不良中，遗传因素占很大一部分。
5、免疫因素：精子、精浆或受精卵是抗原物质，被阴道及子宫上皮吸收后，通过免疫反应产生抗体物质，使精子与卵子不能结合或受精卵不能着床。
6、外界因素影响：在不知道自己怀孕的情况下吸烟（包括吸二手烟）、饮酒、接触化学性毒物、严重的噪声和震动、高温环境等，可导致胎盘和胎儿损伤，造成流产。精神过度紧张，尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大也是不可忽视的因素。
7、病毒或弓形虫感染：怀孕后生病，感染了病原微生物如刚地弓形虫、风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等，这些病原微生物会对受精卵造成影响，影响其发育，会造成流产。
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